Здравствуйте, уважаемая Елена!
По порядку следования Ваших вопросов:
Вы: …не потеряют ли ребенок ВНЖ Испании larga duración (5-летняя ПМЖ), если проживает некоторое время по студенческой визе в Германии?
Ответ: Этот тип резиденции позволяет отсутствовать в Испании не более 364 дней (1 год минус 1 день) за одну поездку. Потом надо появиться в Испании хоть на 1 день, отметиться как-то документально, и снова можно уезжать почти на год.

Вы: И можно ли иметь ВНЖ другой страны ЕС?
Ответ: Эта задача имеет два варианта решения
1) Как Вы и предполагали, две параллельные независимые друг от друга резиденции. Во второй стране процесс иммиграции надо будет начинать почти с нуля.

2) Получение «европейской» долгосрочной резиденции
Autorización de residencia de larga duración – Unión Europea Требования:
https://www.inclusion.gob.es/web/migraciones/w/autorizacion-de-residencia-de-larga-duracion-union-europea-hi-47-

Этот тип резиденции позволяет
— в любой момент вернуться жить в Испанию (без проблеме допустимое отсутствие 6 лет подряд. Если более, то резиденцию надо будет восстанавливать)
— Получить резиденцию во второй европейской стране по упрощённой процедуре.

Внимание! Ниже я предложу Вашему вниманию описание процедуры легализации В ИСПАНИИ «европейских резидентов» из других стран. Именно в Испании, НО! Почти аналогичная процедура действует и в Германии и в других странах ЕС.

https://www.inclusion.gob.es/web/migraciones/w/autorizacion-de-residencia-de-larga-duracion-de-los-familiares-del-extranjero-titular-de-una-autorizacion-de-residencia-de-larga-duracion-ue-concedida-en-otro-estado-miembro-de-la-union-europea-hi-49-